1: Tập 1-A&B: Sự biến Mikawa
Bối cảnh là Trái Đất ở một tương lai xa xăm. Câu chuyện kể về việc loài người tái diễn lịch sử với mục tiêu một lần nữa trở lại trời cao.
Tại Viễn Đông, vùng đất bị đặt dưới sự cai trị tạm thời để chịu trách nhiệm cho sự sụp đổ của thế giới hòa hợp, Matsudaira Motonobu của Mikawa đã cho nổ tung chính Mikawa, nhưng đồng thời cũng chỉ ra cách để chấm dứt Ngày Tận thế là thu thập các Logismoi Óplo. Tuy nhiên, Logismoi Óplo lại được tạo ra từ cảm xúc của Horizon Ariadust, con gái ông. Do đó, giáo hoàng tổng trưởng, đại diện của Liên Minh Thánh Ước, đã âm mưu thu thập các Logismoi Óplo này và ổn định Viễn Đông thông qua việc xử tử cô.
Aoi Toori, tổng trưởng kiêm hội trưởng hội học sinh của Học viện Musashi Ariadust tại Viễn Đông, đã nhận được sự hợp tác của phó hội trưởng “màn hình phẳng” Honda Masazumi cùng một vài kẻ “tuyệt vời” khác, giải cứu Horizon bằng một lời tuyên bố thống trị thế giới đầy bốc đồng, và giành lại được Lype Katathlipse, một trong những Logismoi Óplo.
Bản đồ: [Xem các trang giới thiệu của Tập 3-A]
2: Tập 2-A&B: Hải chiến Armada
Để tìm kiếm đồng minh, Musashi đã tiến đến Anh và bị cuốn vào vụ xử tử Mary, em gái của Nữ hoàng Elizabeth, cùng trận hải chiến Armada nhằm giải quyết xung đột giữa Anh và Tres España. Trong khi Masazumi kiểm tra Ngày Tận thế nhân tạo được xây dựng tại Avalon của Anh, ninja tầm thường Tenzou đã vấp ngã khi tỏ tình và biến Mary thành vợ tương lai của mình. Sau khi Musashi bằng một cách nào đó đã giành chiến thắng trong trận hải chiến, họ thu nhận thêm vợ chồng nhà Tachibana và Mary vào nhóm rồi giành lại được Aspida Phylargia. Kế đó, họ khởi hành đến hòn đảo nổi IZUMO của Hexagone Française để sửa chữa.
3: Tập 3-A,B,C: Từ IZUMO đến Magdeburg và Trận chiến Mikatagahara
Sau cuộc gặp với các đại diện của phe Kantou tại IZUMO, Musashi chuẩn bị giải quyết Trận chiến Mikatagahara – một trong những thất bại lớn nhất của Matsudaira – bằng con đường đàm phán, nhưng lại bị hạm đội của M.H.R.R. Công giáo và Hexagone Française tấn công. Sau khi dùng một cú lao oẳn tù tì để thoát khỏi đòn tấn công của Mouri Terumoto và ông mặt trời “nuy” của Hexagone Française, Toori đã bị Reine des Garous, tức mẹ của Mito, bắt giữ, còn Mitotsudaira thì bị đánh cho tơi tả. Mary, Mito, Naito, và có lẽ vài người nữa đã truy đuổi mẹ của Mito trên mặt đất, nhưng cuối cùng lại hợp tác với bà sau khi nghe câu chuyện “cập bến” săn mồi của bà. Vào khoảng thời gian K.P.A. Italia thất thủ trước Hashiba, họ đang trên đường đến Magdeburg, nơi Musashi cũng đang hướng tới. Trên đường đi, Mito trong trạng thái Thức tỉnh đã xé toạc Hoàng đế M.H.R.R. Rudolf II và lấy được bản ghi chép của Carlos V.
Tại Magdeburg, Musashi đã hứa với cựu tổng trưởng của Hexagone Française là Anne rằng họ sẽ đánh bại Hashiba, nhưng ngay sau đó quân của Shibata bắt đầu tấn công và Anne đã qua đời để tránh một vụ nổ lò long mạch. Trong khi đó, mẹ của Mito tuyên bố Mito đã đánh bại mình. Sự can thiệp của Hashiba đã phá tan mọi kế hoạch giải quyết Trận chiến Mikatagahara bằng đàm phán. Sau sự hy sinh của Matsunaga, Yoshitsune, và Satomi Yoshiyori, Musashi thậm chí còn mất cả Edo và phải chịu thất bại nặng nề nhất trong lúc hội quân với tàu Ariake vừa sơ tán.
4: Từ giờ trở đi
Musashi hiện đang ở bên trong tàu Ariake, phía trên không phận Mito.